Задуманная как «собрание пестрых глав», книга для чтения, адресованная и специалистам и широкому кругу читателей, «Онегинская энциклопедия» объединяет статьи разных жанров: небольшие научные исследования и комментаторские статьи, литературные эссе и краткие пояснения к тексту пушкинского романа.
От созданных ранее комментариев к «Евгению Онегину» энциклопедия отличается не только принципом организации, но и широтой охвата материала, установкой на монографичность в отдельных статьях, что позволило в какой-то мере приблизиться к новому постижению романа, выявить белые пятна в его изучении.
Издание снабжено множеством иллюстраций.
Участие в работе принимали около 100 исследователей из России, ближнего и дальнего зарубежья. Среди них — ведущие пушкинисты Института русской литературы РАН (Пушкинского дома), пушкинских музеев, высших учебных заведений. Над «Онегинской энциклопедией» работали не только филологи, но и историки, искусствоведы, экономисты, врачи, юристы.