Мир энциклопедий

happy7me,
в Ваших рассуждениях есть некоторые неточности.
Во-первых, как правило, фамилии с отрицанием (частичка "Не") образовывались как прилагательное, то есть описание человека, но не констатация его статуса. Тут примеры Непомнящих, Немогай, Невинный и так далее. То есть Вы правы, говоря о том, что тут явно два слова. Вы неправы в том, что первое слово "Нет", на самом деле первое слово в этой составной фамилии "Не", фамилий же, содержащих "Нет", думаю, не существует.
Во-вторых, фамилии, заканчивающиеся на "ов" или "ев", всегда обозначали принадлежность носителя фамилии к роду (семье) человека мужского пола (Иванов, Петров, Сидоров, Кузнецов, Гусев, Гуцев и так далее) либо были производным от существительного мужского рода. В противоположность фамилиям, заканчивающимся на "ин", которые образовывались от существительного женского рода (Татьянин, Серёгин - от "серьга", а не от "Серёга" и так далее).
То есть опять же налицо описательная функция.
Таким образом, расшифровывать эту фамилию стоило бы, исходя из двух слов: "Не" и "Ткачев".
Тут уместно вспомнить о существовании фамилии "Ткачёв".
Далее, думаю, понятно. Изменение гласной (в течение многолетней истории фамилии могло произойти по самым разным причинам вплоть до того, что по какой-то причине чиновник где-то ошибся ) имело место быть, но в слове "Ткачёв". Получилась фамилия "Неткачев", которая ранее была просто прилагательным "Не Ткачёв". В каком смысле употреблялось это прилагательное, какая у этого прилагательного в данном конкретном случае история, - установить сейчас, конечно, не представляется возможным.