Мир энциклопедий

Фамилия действительно очень распространена в именно в этих областях. Исходя из такого радиуса распространения, можно предположить, что, вероятнее всего, этимология фамилии связана с первоначально неправильным произношением слова "наган" в этой местности.
Вторая теория сомнительней, но вполне возможно, что в этих краях жил помещик Ганов, и всем негановским крепостным присвоили соответствующую фамилию.

Есть предположение, что фамилия имеет татаро-монгольские корни. К примеру, в основе фамилии стоит тюркское имя Ногай, принадлежащее основателю Ногайской Орды. Имя это распространилось и среди русских. Ногайцы — народность тюркской языковой группы, живущей на северном Кавказе. В русских формах употреблялась форма нагаи.