История фамилии такова. Раньше на Руси среди людей (преимущественно простого сословия) было широко распространено имя Афанасий (от греческого Athanasia — "бессмертие"). Имя имеет формы уменьшительные и производные, например, Афоня. Вот от этих форм и ведет свое происхождение фамилия Афонин. Еще есть гора Афон со святыми местами, с ней связано много православных легенд.
Хочу добавить, что на Алтае есть целая деревня Афонино. Я знаю только эту деревню, но, думаю, их много. И популярность такой фамилии и названий я связываю с особым почитанием на Руси монастырского острова Афон. В России есть так же монастырь Новый Афон.
