Мир энциклопедий

Надо отдать должное чувству юмора понтифика, сославшемуся на незнание русского языка. Дарить многотомную энциклопедию, посвященную православию, главе католической церкви при том, что две эти христианские конфессии между собой, мягко говоря, не дружат — такое ведь можно и как утонченное издевательство трактовать...

По-моему, вы немножко не о том.
Речь идет не о лично-приватных "подарках" гостей хозяину дома, а о презенте государственного лица главе церкви. И в данном случае любые эмоции по поводу "дружбы" исключены в принципе, а издание скорее всего станет экспонатом в каком-нибудь музее понтификата.
Кстати, не исключено, что в коллекции понтифика имеются энциклопедические издания и по Исламу, выпущенные в разное время в различных странах.

Это был официальный визит и примечательно то, что все-таки президент видит одну из важных составляющих развития России как многоконфессионального государства. Но при этом доминантой остается историческое для России православие, и в своем подарке что он, что ранее В. В. Путин отразили именно это.
Конечно, для понтифика важно, что расширены дипломатические отношения, таким образом увеличивается возможность влияния. Однако подаренный том "Православной энциклопедии" говорит о том, что православие — это один из самых мощных корней, который питал и питает граждан России.